質管部為昌九農科公司質量控制、檢測職能部門，由公司總工程師直接領導，目前有員工13名，檢測工程師2名，助理工程師2名，高級工3名。部門配有先進的日本鳥津GC=8A色譜儀5臺，德國Sartorius電子天平2臺，METTLER TOLEDO 320-S pH 2臺，阿貝折射儀2臺，7220G/724分光光度計等檢測儀器，具有全面、先進的產品檢測手段。